DEFINIT memiliki sistem organisasi yang sederhana namun terstruktur. Kami memiliki 1 (satu) lembaga auditor internal dan 3 (tiga) divisi, yaitu 1) Divisi Penelitian dan Konsultansi, 2) Divisi Pelatihan dan Pengembangan Kapasitas, dan 3) Divisi Administrasi dan Keuangan. Dalam Divisi Administrasi dan Keuangan, terdiri dari 6 (enam) sub divisi dan 9 (sembilan) unit dimana tiap-tiap unit memiliki tugas dan tanggung jawab tersendiri.